La chiesa che si erge nel Santuario è costituita da tre navate, delle quali la più ampia è quella centrale. Al centro della navata principale è situato l'altare maggiore, insieme al quadro (protetto da una lastra di cristallo) della Madonna della Civita. L'altare è composto da marmi ed intarsi di scuola napoletana (del Settecento), opera del maestro Filippo Pecorella, ed è circondato da una balaustra (ricca di intarsi di pregio). Sulla volta sono presenti delle decorazioni che raffigurano alcuni degli avvenimenti più rilevanti che caratterizzarono la nascita e la storia del Santuario. Questi ultimi sono stati eseguiti nel 1919 da San Cozzolino, di Napoli, e successivamente ritoccati dal Prof. A. Rollo di Bari, a cui si deve anche la statua della Madonna posta in cima alla chiesa. A completamento delle navate laterali, vi sono i due altari dedicati a San Gioacchino (sulla sinistra) e a Sant'Anna (sulla destra).

Le due colonne dell'altare ed il lavabo che si trova in sagrestia provengono dal Convento di San Francesco (un tempo situato in città, ma ora distrutto). La chiesa è ulteriormente arredata con un coro ligneo del XVIII secolo ed un organo a canne. In una sala, collocata in fondo alla navata laterale di sinistra, sono custodite moltissime reliquie, nonché oggetti preziosi e paramenti sacri donati da fedeli e pellegrini (compresi quelli di Pio IX). All'interno del Santuario sono custodite alcune tele, tra le quali una Natività di scuola napoletana, una Madonna con San Francesco di Paola e l'Assunta più una copia della Madonna della Civita, su legno (Sebastiano Conca).